มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชเป็นมหาวิทยาลัยในกํากับของกรุงเทพมหานครมีฐานะเป็นนิติบุคคลที่ไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน และกฎหมายว่าด้วยการปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และไม่เป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณและกฎหมายอื่น โดยให้ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร มีอํานาจหน้าที่กํากับดูแลโดยทั่วไปซึ่งกิจการของมหาวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช พ.ศ. 2553 มีสาระสําคัญ คือ กําหนดให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช เป็นสถาบันอุดมศึกษาในกํากับของกรุงเทพมหานคร ทั้งนี้ให้โอนภารกิจและงบประมาณของวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาลและวิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ ในสังกัดสํานักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ไปเป็นของมหาวิทยาลัยฯ ภายใน 120 วัน นับแต่วันที่พระราชบัญญัตินี้ใช้บังคับ กําหนดหลักเกณฑ์และวิธีการเกี่ยวกับการโอนบุคลากรซึ่งสังกัดวิทยาลัย
แพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล ไปเป็นบุคลากรของมหาวิทยาลัย และกําหนดวิธีการบริหารกิจการของ มหาวิทยาลัยซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 127 ตอนที่ 63 ก ได้ประกาศพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย นวมินทราธิราช พ.ศ. 2553 โดยมีผลใช้บังคับในวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ให้มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช มีส่วนงานต่างๆ ดังนี้
(1) สํานักงานสภามหาวิทยาลัย
(2) สํานักงานอธิการบดี
(3) คณะ
(4) วิทยาลัย
(5) สถาบัน
(6) ศูนย์
(7) ส่วนงานที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานเทียบเท่าคณะ
สํานักงานอธิการบดี มีภาระหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานด้านทรัพยากรบุคคล ธุรการ การเงิน การคลัง งบประมาณ พัสดุ ยุทธศาสตร์ เทคโนโลยีสารสนเทศ ทะเบียนนักศึกษา วิเทศสัมพันธ์ นิติการ การติดตามประเมินผล การประกันคุณภาพ การส่งเสริมการวิจัย และการจัดทํารายงานประจําปีของมหาวิทยาลัย รวมทั้งสนับสนุนและส่งเสริมการดําเนินงานตามพันธกิจต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยทางด้านวิชาการ การวิจัย การบริการ วิชาการแก่สังคม งานกิจการนักศึกษา ตลอดจนการทํานุบํารุงศิลปวัฒนธรรม จารีตประเพณี ภูมิปัญญาท้องถิ่น สิ่งแวดล้อม กีฬา ค่านิยมอันดีงามของไทยและวัฒนธรรมองค์กร และภาระหน้าที่อื่นตามที่อธิการบดีมอบหมาย ทั้งนี้ ตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช ว่าด้วยการแบ่งหน่วยงานภายในของสํานักงานอธิการบดี (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2564 ลงวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2564 โดยสํานักงานอธิการบดีแบ่งหน่วยงานภายในเป็น 11 ฝ่าย มีหน้าที่ ดังนี้
(1) ฝ่ายบริหารงานทั่วไป มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานบริหารทั่วไป งานเลขานุการ งานสารบรรณ
งานประชาสัมพันธ์ งานวิเทศสัมพันธ์ งานดูแลอาคารสถานที่ รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(2) ฝ่ายการคลัง มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานการเงิน งานงบประมาณ งานบัญชี รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่
อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(3) ฝ่ายทรัพยากรบุคคล มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานสรรหาและบรรจุแต่งตั้ง งานทะเบียนประวัติ
และสิทธิประโยชน์ งานพัฒนาบุคลากร รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(4) ฝ่ายนิติการ มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานยกร่างข้อบังคับและระเบียบ งานตรวจร่างข้อบังคับ
ระเบียบ กฎ และสัญญาต่าง ๆ งานการให้คําปรึกษาเกี่ยวกับกฎหมาย ข้อบังคับและระเบียบ งานคดีและวินัย รวมทั้ง
ปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(5) ฝ่ายวิชาการ มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานบริการวิชาการ งานทรัพยากรการเรียนรู้ งานพัฒนา
หลักสูตรและการสอน งานตําแหน่งทางวิชาการ รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(6) ฝ่ายยุทธศาสตร์ มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานวางแผนพัฒนา งานประกันคุณภาพการศึกษา
งานบริหารความเสี่ยง รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(7) ฝ่ายกิจการนักศึกษา มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานกิจกรรมนักศึกษา งานสวัสดิการและการ
ให้บริการนักศึกษา งานสภานักศึกษา งานส่งเสริมและทํานุบํารุงศิลปวัฒนธรรม รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่
หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(8) ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานระบบเครือข่าย งานด้านระบบเทคโนโลยี
สารสนเทศ งานบริการด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ งานบริการฝึกอบรมด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่
อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(9) ฝ่ายส่งเสริมการวิจัย มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานส่งเสริมการวิจัย งานวิเคราะห์ ติดตาม
ประเมินผลโครงการวิจัยของมหาวิทยาลัย งานพิจารณาการให้ทุนวิจัย งานประสานความร่วมมือด้านการวิจัย
ทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย งานให้คําปรึกษาโครงการวิจัย งานบริการฝึกอบรมด้านการวิจัย งานทรัพย์สิน
ทางปัญญา รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(10) ฝ่ายทะเบียนและประมวลผล มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานทะเบียนนักศึกษา งานรับนักศึกษา
งานทะเบียนประวัตินักศึกษา งานทะเบียนวิชาเรียน งานประมวลผลการศึกษา งานวัดผลการศึกษา งานสถิตินักศึกษา
งานบริการข้อมูลการศึกษา รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย
(11) ฝ่ายบริหารงานก่อสร้างบํารุงรักษาอาคารและพัสดุกลาง มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานจัดซื้อ
จัดจ้างและบริหารพัสดุของมหาวิทยาลัย งานออกแบบและควบคุมการก่อสร้าง งานบริหารโครงการก่อสร้าง
งานบํารุงรักษาอาคารสถานที่ และบริหารงบประมาณด้านการก่อสร้างและพัสดุ ยกเว้นงานจัดซื้อจัดจ้างและบริหาร
พัสดุของคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามที่หัวหน้าสํานักงานมอบหมาย